Buscando aplicaciones para manejar PDFs encontré esta: PDF-Shuffler. Este programa permite unir, dividir y combinar archivos en formato PDF, pero también tiene la capacidad de modificar el tamaño de las páginas, recortarlas (para aquello de los PDF de imágenes escaneadas), rotarlas y borrarlas.
Es una aplicación bastante sencilla de usar, pero de gran ayuda.
Se puede bajar desde aqui:
PDF Shuffler
Gracias a @Ubuntips